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Microbiote

Le microbiote, autrefois dénommé flore intestinale, est composé d’environ 100 000 milliards de bactéries non pathogènes, appartenant à plus de 1 000 espèces différentes, constituées de 3 millions de gènes (100 fois plus que le génome humain). Auxquelles il convient d’ajouter une riche flore virale et fongique.

Le microbiote intestinal se localise essentiellement au niveau de l’intestin grêle et du côlon, l’acidité gastrique rendant la paroi de l’estomac quasiment stérile.

Le microbiote est réparti entre la lumière du tube digestif et le biofilm protecteur que forme le mucus intestinal sur sa paroi intérieure (épithélium intestinal).

Parmi les 160 espèces de bactéries que comporte en moyenne le microbiote d'un individu sain, une moitié est communément retrouvée d'un individu à l'autre. Il existerait d'ailleurs un socle commun de 15 à 20 espèces en charge des fonctions essentielles du microbiote. Bien que cela soit discuté, il semble que l'on puisse distinguer des groupes homogènes de population, selon la nature des espèces qui prédominent dans leur microbiote ; on distingue ainsi trois groupes – ou entérotypes – principaux : bacteroides, prevotella et clostridiales.

Une carte d’identité individuelle

Le microbiote d'un individu se constitue dès sa naissance, au contact de la flore vaginale après un accouchement par voie basse, ou au contact des micro-organismes de l'environnement pour ceux nés par césarienne.

La colonisation bactérienne se développe de façon progressive, et dans un ordre bien précis. Les premières bactéries intestinales ont besoin d’oxygène pour se multiplier (bactéries aérobies : entérocoques, staphylocoques…). Mais en consommant l'oxygène présent dans l’intestin, elles favorisent ensuite l'implantation de bactéries qui ne prolifèrent à l’inverse qu’en l’absence de ce gaz (bactéries anaérobies : bactéroides, clostridium, bifidobacterium…).

Sous l'influence de la diversification alimentaire, de la génétique, du niveau d'hygiène, des traitements médicaux reçus et de l'environnement, la composition du microbiote intestinal va évoluer qualitativement et quantitativement au cours des premières années de vie, pour demeurer ensuite assez stable.

La fluctuation des hormones sexuelles – testostérone et estrogènes – pourrait malgré tout avoir un impact sur sa composition. Des traitements médicaux, des modifications de l'hygiène de vie ou divers événements peuvent aussi modifier le microbiote, de façon plus ou moins durable. Par exemple, un traitement antibiotique réduit la qualité et la quantité du microbiote sur plusieurs jours à plusieurs semaines. Bien que les espèces initiales soient capables de se rétablir en grande partie, des différences peuvent subsister. Des antibiothérapies répétées au cours de la vie pourraient ainsi induire une évolution progressive et définitive du microbiote, peut-être potentiellement délétère.

Mais certaines personnes auraient un microbiote plus stable que d'autres, face à un même événement perturbateur.

Des rôles physiologiques variés

Le microbiote intestinal assure son propre métabolisme en puisant dans nos aliments. Dans le même temps, ces micro-organismes jouent un rôle direct dans la digestion, en :

- Assurant la fermentation des substrats et des résidus alimentaires non digestibles

- Facilitant l'assimilation des nutriments grâce à un ensemble d'enzymes dont l'organisme est dépourvu

- Réalisant l'hydrolyse de l'amidon, de la cellulose et des polysaccharides

- Participant à la synthèse de certaines vitamines (vitamine K, B12, B8)

- Régulant plusieurs voies métaboliques : absorption des acides gras, du calcium, du magnésium…

De plus, le microbiote agit sur le fonctionnement de l’épithélium intestinal, sur la différenciation des cellules qui le composent, le réseau sanguin qui l'irrigue et participe au fonctionnement du système immunitaire intestinal.

Des implications pathologiques

On soupçonne divers types de dysbioses (déséquilibre du microbiote) d’exercer des effets néfastes vis-à-vis de l’organisme.

Prioritairement en ce qui concerne les maladies intestinales inflammatoires (maladie de Crohn, rectocolite hémorragique).

De nombreux autres axes de recherche sont explorés, parmi lesquelles le risque de cancer colorectal, l’efficacité de certaines thérapies anticancéreuses et de nombreuses maladies neuropsychiatriques (autisme, schizophrénie, troubles bipolaires, maladie d’Alzheimer, maladie de Parkinson, anxiété, dépression…).

Probiotiques

Les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui, ingérés en quantité suffisante, ont un effet bénéfique sur la santé en améliorant l'équilibre de la flore intestinale. Ce terme désigne aussi des produits qui renferment de tels micro-organismes.

Les bactéries lactiques comptent parmi les principaux probiotiques.

Elles comprennent, notamment, les lactobacilles (bactéries du genre Lactobacillus), les bifidobactéries (bactéries du genre Bifidobacterium) et certains streptocoques (bactéries du genre Streptococcus). Ce sont des bactéries de ce type qui servent généralement à la production du yogourt (Lactobacillus bulgaricus, Streptococcus thermophilus), de la choucroute, des légumes lactofermentés et du salami (Lactobacillus plantarum).

La levure de bière active (ou « vivante ») est également un probiotique. Elle est constituée de champignons microscopiques, généralement de l’espèce Saccharomyces cerevisiae.

Prébiotiques

Les prébiotiques sont des substances alimentaires composées généralement d’oligosaccharides et de polysaccharides à courte chaîne, qui favorisent la multiplication des bactéries du microbiote intestinal.

Les prébiotiques agissent comme substrat sélectif d’une ou d’un nombre restreint de souches bactériennes bénéfiques qui résident dans le côlon et en stimule la croissance.

Symbiotiques

Les symbiotiques sont des produits qui renferment à la fois des probiotiques et des prébiotiques.