Le tube digestif est stérile in utero, il est colonisé dès la naissance par contamination maternelle et environnementale jusqu’à atteindre 100 000 milliards de bactéries (avec 500 espèces bactériennes). La flore est propre à chaque individu et se complexifie dans le temps. Elle possède plusieurs fonctions : fonction de protection (effet barrière et résistance à la colonisation), fonction métabolique et nutritionnelle (fabrication de vitamines, métabolisation des stérols), fonction immunitaire (activation du système immunitaire, modulation des réponses immunes).
Elle évolue avec l’âge, le stress, l’acidité gastrique, les maladies, l’alimentation, la prise de certains médicaments… Par exemple, au cours de diarrhées infectieuses, on observe une instabilité de la flore, avec une augmentation des bactéries aérobies et une diminution des bactéries anaérobies. De même, la prise d’antibiotiques aboutit à un déséquilibre de la flore intestinale.
Les probiotiques ou prébiotiques pris par voie orale revendiquent un certain nombre d’actions sur le système digestif et sur le système immunitaire. Ces effets dépendent de la souche et de la dose. Ainsi, sur le système digestif, certains probiotiques auraient un effet dans les ballonnements, dans l’inconfort intestinal, dans la constipation, dans les diarrhées… Plusieurs souches stimulent la digestion du lactose (l’effet a été démontré in vivo chez l’homme adulte hypolactasique et dans le syndrome du grêle court). Les prébiotiques, en dehors de leur effet propre sur la motricité colique, peuvent avoir un effet stimulant sur la réabsorption colique de l’eau et du sodium (ceci a été étudié in vitro). Ils stimuleraient l’absorption colique du calcium, du magnésium, du fer et du zinc (les travaux sont expérimentaux, et l’impact reste à démontrer chez l’homme).
Les probiotiques et prébiotiques font l’objet d’études pour la prévention de la diarrhée à Clostridium difficile, pour la prévention et le traitement des diarrhées dues aux antibiotiques, pour la prévention de la maladie des voyageurs, pour le traitement des maladies inflammatoires intestinales. À l’heure actuelle, les données sont peu nombreuses pour valider leur efficacité dans tous ces domaines. En effet, leur effet dépend de la souche utilisée, ce qui complique la faisabilité des études. Les études les plus nombreuses concernent le traitement de la diarrhée aiguë. Par exemple, pour réduire les symptômes de la diarrhée aiguë en complément des mesures habituelles, la récente étude ESPGHAN ne retient que 4 souches probiotiques : Lactobacillus rhamnosus GG, Saccharomyces boulardii, Lactobacillus reuteri DSM 17938 et Lactobacillus acidophilus LB.
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