Les effets secondaires liés à la vaccination restent généralement localisés au site d’injection (douleur, érythème, etc.) ; les effets systémiques sont bénins et transitoires (fièvre, algies, troubles digestifs, etc.). La survenue d’une forme atténuée de l’infection contre laquelle est dirigé un vaccin vivant reste exceptionnelle. Le taux de signalements, toutes gravités confondues, est de 1,25 cas pour 100 000 doses. Pourtant, les vaccins ont mauvaise presse dans un contexte général de défiance à l’égard des médicaments. Une enquête publiée en janvier dernier a dévoilé qu'une majorité de Français adhère à au moins une théorie dite « complotiste » : 55 % des sujets interrogés étaient persuadés que le Ministère de la Santé et l'industrie pharmaceutique s’accordaient à dissimuler au public la nocivité des vaccins.
Quelques effets iatrogènes ayant pu, un temps, être présentés comme associés aux vaccins méritent d’être évoqués et relativisent la portée du message qu’entendent faire porter certains lobbies :
- Autisme. Une étude suggéra, il y a vingt ans, que la vaccination ROR (rougeole-oreillons-rubéole) pouvait entraîner des cas d’autisme. Malgré sa faiblesse méthodologique et ses limites - elle reposait sur 12 cas sans groupe contrôle -, elle jeta la suspicion et se trouva relayée par des lobbys anti-vaccination. D’autres études conduites immédiatement n’en validèrent pas les résultats. En 2004, six ans après la publication, l’enquête d'un journaliste du Sunday Times, Brian Deer, identifia des conflits d'intérêts non divulgués par Wakefield qui, financé par des avocats ayant entrepris de poursuivre des producteurs de vaccins, avait créé de toutes pièces l’« entérocolite autistique ». Dix des douze auteurs se désengagèrent de la publication, précisant qu’« aucun lien n’a pu être établi entre le vaccin ROR et l’autisme car les données étaient insuffisantes ». Un tribunal du British General Medical Council (GMC) prouva en 2010 la véracité des griefs formulés contre Wakefield. The Lancet rétracta la publication, notant que des éléments du manuscrit avaient été falsifiés. Wakefield fut radié de l'Ordre des médecins britanniques en 2010 et n'est plus autorisé à exercer au Royaume-Uni. Il s’est exilé aux États-Unis où il continue ses « travaux ».
- Mort subite du nourrisson. Ces vingt dernières années, des observations isolées et des études de cas ont suggéré qu’il existerait une association entre des décès de nourrissons par mort subite et leur vaccination, mais les études épidémiologiques concordent pour montrer qu’il n’existe pas de lien de causalité. L’une d’elles, conduite sur 470 000 naissances en Angleterre, suggère même que la vaccination pourrait être un facteur protecteur.
- Sclérose en plaques. Le vaccin contre l’hépatite B a été l’objet de la part de détracteurs des vaccinations d’une attaque suggérée par la survenue d’affections neurologiques démyélinisantes post-vaccinales : il a été impossible de démontrer l’existence d’un lien de causalité entre cette vaccination et la pathologie. En revanche, l’efficacité prophylactique du vaccin anti-VHB, quantifiée par la réduction de l’incidence de la morbi-mortalité attribuable à l’hépatite B, est certaine (cf. mission Raoult en 2003, avis du Conseil supérieur d’hygiène publique et du Comité technique des vaccinations en 2004).
Plus récemment, c’est le vaccin anti-HPV (papillomavirus) qui a fait l’objet d’une surveillance renforcée par l’EMA et l’ANSM entre 2008 et 2013 : elle n’a pas montré l’existence d’un lien de causalité entre cette vaccination et la survenue d’une SEP ou de toute autre affection auto-immune.
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