Il existe, à l’état normal (eubiose), un équilibre entre la flore bactérienne intestinale, propre à chaque individu, et le système immunitaire, participant à la barrière intestinale.
Il est actuellement admis qu’il existe chez les patients atteints d’une maladie inflammatoire chronique de l’intestin un déséquilibre du microbiote (dysbiose) favorisant une réaction immunitaire inadaptée. Mais s’agit-il d’une cause ou d’une conséquence ?
En effet sur les modèles animaux : on ne peut pas induire de MICI expérimentales chez les animaux sans microbiote ; et certains microbiotes sont plus colitogéniques que d’autres. Chez l’homme : les lésions des MICI prédominent dans les zones où les bactéries sont les plus nombreuses (iléon, côlon), les polymorphismes génétiques associés à un risque de MICI portent sur des gènes de reconnaissance de bactéries, le microbiote des sujets atteints de MICI diffère de celui de sujets sains, des transferts de microbiote ont montré une efficacité thérapeutique dans la rectocolite hémorragique.
Des premiers résultats suggèrent des effets bénéfiques d’un transfert de microbiote fécal chez des patients en poussée dans le but de modifier l’évolution de la maladie. Outre la confirmation de l’activité, de nombreuses questions devront être éclaircies : certains donneurs sont-ils meilleurs que d’autres ? Quelle est la meilleure voie d’administration (lavement, coloscopie, sonde duodénale) ? Quelle préparation mettre en œuvre avant le transfert (vidange colique, antibiothérapie) ? Quel nombre et quelle fréquence de transferts ? Quels effets indésirables ? D’autres pistes sont également étudiées, comme celle du mycobiome (champignons vivant dans l’intestin) qui jouerait également un rôle clé dans les MICI. La découverte que ces champignons intestinaux pourraient être impliqués dans l’étiologie des MICI suggère l’intérêt de combiner une thérapie antifongique aux traitements standards.
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