Selon des données prépubliées sur le site MedRxiv concernant le variant Lambda, et dans « Nature », concernant le variant Epsilon, ces deux variants pourraient changer de catégorie.
Le variant Epsilon, qui a été remarqué pour la première fois en Californie, rassemble les virus des lignées B.1.427 et B.1.429, qui ont en commun trois mutations (S13I et W152C au niveau de la région N terminale, et L452R au niveau du domaine de liaison au récepteur). À la date du 30 avril 2021, 8 441 des 21 072 génomes séquencés renseignés dans la base de données internationale GISAID appartiennent au variant Epsilon. Selon les auteurs, il est désormais majoritaire dans cet État de l'Ouest américain.
Les chercheurs de l'université de Washington ont mesuré la capacité neutralisante des anticorps prélevés chez des patients vaccinés avec un vaccin à ARNm. Comparé à un virus de référence G614 pseudo-typé, le variant Epsilon est 2,4 fois moins neutralisé par les anticorps produits à la suite d'une vaccination par le vaccin de Moderna et 2,3 fois moins par les anticorps produits grâce au vaccin Pfizer/BioNTech. Dans le détail, les chercheurs précisent que certains anticorps spécialement dirigés contre la région N-terminale ne se fixent plus sur les virus du variant Epsilon.
« L'acquisition de la mutation L452R par plusieurs lignages de virus, y compris ceux qui ont émergé en Inde, suggère qu'il existe une pression évolutive induite par les anticorps spécifiquement dirigés contre le domaine de liaison au récepteur », ajoutent les auteurs dans leur discussion.
Variant sud-américain contre vaccin chinois
Le variant Lambda, quant à lui, est issu de la lignée C 37 qui circule en Amérique du Sud. Les chercheurs de l'université du Chili ont évalué sa résistance au plasma de convalescents en utilisant des pseudotypes, c’est-à-dire des « virus » chimériques composés d'un vecteur lentiviral marqué sur lequel ont été greffées des glycoprotéines de surface d'un autre virus, en l'occurrence celles du variant Lambda.
Dans un premier temps, les pseudovirus ont été mis en présence de cellules humaines in vitro. Les auteurs ont constaté une plus forte bioluminescence que lors d'expériences similaires impliquant un variant Alpha ou Gamma. Ces résultats plaident en faveur d'une plus forte infectivité du variant Lambda.
Ces pseudovirus ont ensuite été exposés à du plasma de professionnels de santé ayant été vaccinés avec le vaccin inactivé CoronaVac. La neutralisation était divisée par 3,05 fois par rapport au virus sauvage apparu à Wuhan. À titre de comparaison, le variant Gamma était 2,33 fois moins neutralisé et le variant Alpha était 2,03 fois moins neutralisé. « Ces données renforcent l'idée que les campagnes de vaccination doivent s'accompagner d'une surveillance génomique stricte pour identifier les mutations d'intérêt de la protéine Spike », concluent les auteurs.